La complejidad de los sistemas biológicos significa que cada vez más investigadores se están dirigiendo hacia el estudio y la comprensión de los procesos implicados en la trayectoria biológica.
En la Universidad de Londres, el Cancer Research UK Protein-Protein Interactions Drug Discovery Research Group y el Grupo de Estructura Molecular del School of Pharmacy están implicados en un proyecto de modelización de factores de transcripción STAT, que se consideran instrumentales en la trayectoria de señalización del cáncer.
El proyecto gira alrededor de las simulaciones dinámicas moleculares de las instalaciones proteína-proteína y proteína-ADN. El National Grid Service (NGS) proporciona un tiempo computacional.
El proyecto pretende ver algún tipo de cambio en la conformación del complejo proteína – ADN – como el factor de transcripción interactúa con el DNA. Basado en estas simulaciones, el grupo intentará diseñar potenciales inhibidores de moléculas para que estas interacciones paren o señalen el proceso principal de desarrollo del cáncer.
El factor de transcripción es importante para los procesos de desarrollo de células, pero los estudios muestran que las proteínas son sobreproducidas en muchos tipos de cáncer. Ambas proteínas y ADN son grandes moléculas y no pueden ser investigadas como cuerpos rígidos. La dinámica molecular permite que estas moléculas sean investigadas mejor.
Las simulaciones de dinámica molecular pueden ser usadas para comprender la base física de la estructura y función de las biomoléculas, tales como proteínas y ácidos nucleicos.
Bibliografía: Simulation biology. Scientific Computing World October/November 2010
Palabras clave: MD simulation (Molecular dynamic simulation)
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