03 junio 2008

Modelos virtuales de organismos vivos

Venimos hablando con mucha frecuencia de las tecnologías de automatización que permiten aumentar la productividad de las plantas industriales, así como de la modelización de fenómenos físicos. Pero los científicos están también haciendo importantes progresos en el aprendizaje de los componentes más diminutos de los seres vivos. En este post examinamos los últimos avances enfocados a obtener modelos exactos en una aproximación de biología de sistemas. Los científicos buscan explicar los fenómenos vivos, no en una base gen-a-gen, sino a través del estudio de las interacciones de todos los componentes en una célula, organismo, u órgano. Actualmente se avanza en unir herramientas computacionales y plataformas que permitan ejecutar técnicas de experimentos mejorados, y nos permitan progresar hacia el desarrollo de modelos de computerizados de sistemas biológicos complejos. Son cientos, por no decir miles, el número de proyectos de investigación que están enfocados sobre diferentes áreas de la modelización fisiológica, hablaremos en este artículo tan solo de unos cuantos.
Por ejemplo, BioSPICE es un amplio proyecto, enfocado a la simulación en oposición a las interacciones de datos/modelos. Muchas herramientas se han desarrollado a partir de aquí: GEPASI, Cell designer, ECELL, Virtual Cell, SBW, Systems Biology Workbench, XPP, etc. Los proyectos más importantes son standards emergentes para la representación de los modelos biológicos y también se están expandiendo el número de técnicas numéricas en estos modelos.
Una de las herramientas comerciales por excelencia que se utilizan en biología de sistemas se Matlab, que incluye un gran número de herramientas de análisis numéricos. Este software permite a los usuarios crear modelos que contengan compartimentos, reacciones, especies, parámetros, eventos, normas y unidades usando un bloque de interface o modelos SBML. Los usuarios pueden simular el modelo usando diferentes opciones estadísticas. También puede trabajarse en código abierto, y para ello está disponible Systems Biology Toolbox para Matlab, desarrollado por un grupo de investigadores suecos.

Bibliografía: Virtual bodies. Scienfic Computing world. April/May 2008


Palabras clave: Systems biology approach
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